王充对儒学的批判锋芒直指其创始人孔子：孔子的治国理论浮浅多变，实无什么远见卓识，“语冉子先富而后教之，教子贡去食而存信，食与富何别？信与教何异？二子殊教，所尚不同，孔子为国，意何定哉？”在个人政治行为上，孔子也没有什么原则性，他的政治目的其实是欲行周道而时有动摇，“言无定趋，则行无常务矣。周流不用，岂独有以乎？”孔子口是心非的虚伪性往往暴露在贪官好仕方面，“孔子不粥车以为鲤槨，何以解于贪官好仕恐无车？而自云君子杀身以成仁，何难退位以成礼”（《问孔》)。孔子作为教育家所讲的那些仁与礼的道德教条，空洞而无实践意义。受其影响，儒者思想芜杂混乱，对当代的政治生活不能发生什么积极作用：“周秦以来，儒生不知，汉欲观览，儒生无力。”（《效力》)儒生对自己所传授的典籍也没有真知灼见，自欺欺人，贻害后世：“虚说传而不绝，实事没而不见，五经并失其实”，“今《礼》未必为周，则亦疑今《易》未必为周也”（《正说》）。

《论衡》揭露儒学的致命弊端，一是论事不实，既不通今，又不晓古，是一群专以解经事师而相互标榜的愚盲之徒，“夫知今不知古，谓之盲瞽。五经比于上古，犹为今也，徒能说经，不晓上古，然则儒生所谓盲瞽者也”，“儒生不能知汉事，世之愚蔽人也。温故知新，可以为师，古今不知，称师如何？”（《谢短》)二是儒者鼓噪的谶纬神学，荒诞愚昧，破坏社会文明进步秩序，令人深恶痛绝而鄙弃之，这也是他们自我否定的根本原因：“天子下仲舒于吏，当谓之下愚。仲舒当死，天子赦之。”（《对作》）

《论衡》对儒学的批判揭示了一个重要史实，在汉代的社会观念形态中，儒学根本不占主导和支配地位，且为汉人贱视鄙弃的对象，“世俗共短儒生，儒生之徒亦自相少”；“世俗轻之，文吏薄之，将相贱之。是以世俗学问者，不肯竟经明学”（《程材》）。