《淮南子》的学术观点，以道家的朴素唯物论和辩证法为核心，将先秦各家学说融合为一，“百家异说，各有所出，若夫墨、杨、申、商之于治道，犹盖之无一橑而轮之无一辐”（《俶真训》)；“百家之言，指奏相反，其合道一体也”（《齐俗论》)。作者的批判锋芒主要指向抱残守缺、孤陋寡闻的儒学之徒，一如穷乡僻壤之鄙社，叩盆拊瓦相为歌乐，并未知文明人类击楗鼓，撞巨钟及其大义闳论。

作者指出，儒学是王政没落的产物：“周室衰而王道废，儒墨乃列道而议，分徒而讼。”（《俶真训》)儒学及礼教自创立以来，用以治国则无成功经验可谈，只有失败的教训，“鲁国服儒者之礼，行孔子之术，地削名卑，不能亲近来远”，反而不如剪发文身的越王勾践南面称霸天下，泗上十二诸侯皆率九夷以朝；何况此前的楚庄王、晋文公都曾令行天下，“岂必邹鲁之礼之谓礼乎？”（《齐俗训》)儒学盛赞三代之治，但又无法以之践行自己的政治主张，可见其致命弱点是理论与实践的分离，“称其所是，行其所非，是以尽日极虑而无益于治”。儒学在政治活动中的失败具有必然性：“存危治乱，非智不能道，而先称古，虽愚有余。”（《氾论训》)作者指出，在儒家学风的影响下，“世俗之人多尊古而贱今，故为道者必托于神农、黄帝而后能入说”（《修务训》)，但史实证明，“殷变夏，周变殷，春秋变周，三代之礼不同，何古之从？”既然王政时代的礼制未始有常，制礼者不被礼制所拘束，那末“苟便于民，不必法古；苟周于事，不必循旧”（《汜论训》)。继承中国古代文化学术遗产的正确方法和态度，是彻底摈弃儒家思想糟粕：“诵诗书者，期于通道略物，而不期于《洪范》、《商颂》”（《修务训》)。

《淮南子》大部分篇章皆以道论为纲领，体现了道家的学术旨趣。全书反复阐述的治政原则是：君主遵循无为之术，执政奉行民主与法治路线，移风易俗，以推进社会进步。但末篇《泰族训》的作者以迂儒之见，否定西汉前期和盛世的政治局面：“今重法而弃仁义，是贵其冠履而忘其头足也”；“言不合乎先王者，不可以为道”（《泰族训》)。无奈整个中国古代社会进程得出的历史性结论却是：儒生无得与通士比；“不知法治之源，虽循古终乱”（《氾论训》）。