靖康之变（1126-1127年）后，孔端友以应诏书“拜谒圣天子”为名，仓皇逃离曲阜，背负孔子的弟子子贡雕刻的孔子及夫人亓官氏的楷木雕像随驾南渡，后世居衢州。孔端友成为孔氏南宗始祖，这一宗历经六代衍圣公，约两百年。

这时，女真金国也册封未加抵抗便主动投降金军的孔端操，也就是孔端友的同父异母的弟弟袭封了“衍圣公”，以主持曲阜孔庙祭祀。孔端操成为北宗之始。而后过了一百年，由铁木真的儿子窝阔台率领的蒙古汗国的军队占领山东曲阜，又立既非孔端友也非孔端操的直系后代的旁支后代----孔子第五十二代嫡孙孔之全为“衍圣公”，这样，13世纪20年代（1220年代），蒙古、金、南宋三国并立之时，曾出现“天有三日”—三个“衍圣公”（孔端友直系后代、孔端操直系后代、孔之全）的局面。

1229年，蒙夷灭金夷灭之后，在衍圣公孔元用的率领下，孔府审时度势，大义凛然地倒向了忽必烈，为表耿耿赤子之心，孔元用亲率族人加入元军，清剿汉人“反贼”，“不幸”死在军中， 孔元用死后，孔元措一系乘机夺权，孔家内部为了衍圣公称号展开了争夺，持续数代，主要就是关于帽子颜色的大讨论，其精彩激烈就不累细数。最后，元仁宗判孔元措一系为正溯，孔元用一系彻底败北。

元宪宗二年（1252年）春夏之间，孔府还派出大儒张德辉与元好问等觐见忽必烈，跪请他为“儒教大宗师”。忽必烈很意外，但也非常高兴地接受了。元好问乘机提出，希望“儒教大宗师”能多为天下儒生着想，改善一下儒生们的卑贱地位，蠲免儒户的兵赋等。这个提议也被忽必烈应允。

在蒙古汗国蒙哥汗统治的时候，蒙哥的弟弟忽必烈管着华北的河北山东一带的事务，那正是圣人孔子的后代们大量聚居长住的地方，孔子的后人们对当地汉人百姓如同地狱一般的惨状生活装聋作哑，没有半句上表，没有一字抗议，只管当他们的“衍圣公”！

衍圣公孔元措1252年去世，其儿子侄子等一帮孔家族人就开始争夺这“衍圣公”的头衔，忽必烈哈哈大笑，回应道：“尔等皆回，务要竭力苦读，若果有才华，朕方能封官”（姚燧《中书左丞姚文献公神道碑》）忽必烈接受“儒教大宗师”称号后，孔子后人们上赶着抢着去上表庆贺，说什么这是“实质荣归”“名实相副”“圣人开颜”“吾皇圣明”了！！

1644年清夷大军在多尔衮的带领下，几乎兵不血刃地就拿下了北京城。

时隔四个月后的1644年九月初一，孔府当代的衍圣公孔衍植就奉上了《初进表文》，向清廷表忠心，称颂清帝“山河与日月交辉，国祚同乾坤并永”，表示“臣等阙里竖儒，章缝微末，曩承列代殊恩，今庆新朝盛治，瞻学之崇隆，趋跄恐后”。

要说明朝的皇帝对待孔圣人的后代确实不薄，将衍圣公的职位排在朝廷文臣之首。等到了崇祯时期，更是将其封为太子太保、太子太傅，成为太子的老师，让孔府一门真正地感受到了什么叫做皇恩浩荡。可即使如此，也没能让孔圣人的后代表现出丝毫的"民族气节"。

由于衍圣公孔衍植的投诚，孔府很快就迎来了回报，三天之后的九月初四，清廷便下旨，称"先圣为万世道统之宗，礼当崇祀"。意思就是孔府仍然可以享受朝廷的优待，也承认其圣人后裔的地位。顺治二年(1645),朝廷颁布剃发令,接着，为响应清政府发布的剃发令，三姓公孔胤植隆重举行了剃发仪式，“恭设香案，宣读圣谕”，令族人剃发。 并向清廷上奏了《 上剃头奏稿》。

再后来，为了避清帝胤模讳，三姓公孔胤植改名孔衍植，再度表明了对清廷的耿耿忠心。

孔家如此识相，清廷自然少不了封赏，孔府一门更是得势，至于老祖宗所言“士见危致命，见得思义。”，乃教化万民之语，非孔家治世准则。

纵观孔府历史，越是外夷戎狄，越是恩赏有加，元成宗上台后封孔丘先生为“大成至圣文宣王”；清代顺治皇帝当政之初，更把孔子封为“大成至圣文宣王先师”，使这种逐步的吹捧终于达到了登峰造极的地步，而孔府也跟着沾光无限。