陈独秀性格率直，不拘小节，他在北大主持文科时，得罪过不少人，这些被得罪的人斗不过陈独秀，只好在私德上做文章。蔡元培有心保护陈独秀，所以在1919年初出面发起“进德会”，规定不嫖、不赌、不娶妾，不做官吏，不做议员……这简直有禁欲主义的味道。但陈独秀签了字，成为会员。
 
    然而入会不久，却有一个流言在北大传播，说陈独秀逛八大胡同，且被妓女抓破下身。这个大新闻一出，那些陈独秀的反对者终于抓住了把柄。3月18日，林纾在《公言报》发表致蔡元培公开书，指责北大“覆孔孟、铲伦常”，说的就是陈独秀嫖妓这件事。
 
    林纾的公开信加剧了陈独秀绯闻的传播速度。同一天，《公言报》以《请看北京大学思潮变迁之近状》为题，发挥演绎林纾在信中的暗示，公开指责陈独秀、胡适等毁斥伦常、诋诽孔孟。批评陈独秀、胡适、钱玄同、刘半农、沈尹默等以新派领袖自居，沆瀣一气互相吹捧。根据这篇文章的指责，《新青年》、《新潮》、《每周评论》等都有问题，北大比较持重比较公平的刊物大约只有《国故》可读可信。这篇文章还说，日前哄传教育部责令北大将陈独秀、钱玄同和胡适之三人解职，但据记者调查，并无其事。文章一方面对各种传言、谣言推波助澜，一方面为教育部解脱，将各种传言的起因引向北大内部。
 
非关政治和学术，而是私德
 
    有关北大的负面新闻主要集中在陈独秀、胡适等几个新派人物身上，主要针对的不是他们的政治立场和学术水准，而是私德问题。
 
    3月26日，蔡元培、沈尹默、马叙伦等在汤尔和家不知怎么就说起了陈独秀这些事。谁都知道，沈尹默、马叙伦和汤尔和是蔡元培在北大最倚重的“浙江帮”。蔡元培在北大的许多主张与做法，大都来源于他们。这三个人原本一直帮蔡元培出主意对付北京政府还有教育部那些官老爷。然而不知为什么，他们三人在这天夜里却将精力、智慧都用来对付陈独秀。特别是汤尔和，不知为什么那么仇视陈独秀，一再强调陈独秀私德太坏，并依据传言添油加醋渲染陈独秀八大胡同狎妓。
 
    汤尔和的说法究竟有多少事实依据，一直让人怀疑。然而，他滔滔不绝讲了几个小时，一再建议蔡元培痛下狠招，整肃校纪，将不配为人师表的陈独秀辞聘，也可借此遏制胡适等人的猖狂。只有这样，才能使北大免于被守旧者攻击，为国家保存一点读书种子。汤尔和说，现在外界竭力攻击北大，都是因为陈独秀等几个人刻意与政府作对，如果我们一味保护陈独秀几个人，就意味着我们与他们一致，都是要与政府对立。那么，政府当然不会放过我们，我们多年来的辛苦经营也就必将付诸东流。
 
    蔡元培一直默默地听着，但听到最后一句话时，他站起来斩钉截铁地说：“这些事我都不怕，我忍辱至此，皆为学校，但忍辱是有止境的。北京大学一切的事，都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。”(傅斯年：《我所敬仰的蔡先生之风格》，《蔡元培先生纪念集》，81页)
 
    稍后，陈独秀还是谢绝了蔡元培的好意，离开了北大，前往南方，参与组建中国共产党去了。
 
来自北洋政府的警示
 
    北大内部派系是个由来已久的问题，陈独秀被排斥只是众多纠纷中的一个例子。反对陈独秀的理由只是从道德伦理层面着眼。其实，当时更多的派系纷争还是后来所说的所谓新旧思想冲突。
 
    1919年初，北大学生主办的《新潮》杂志出版。《新潮》赢得新知识群体的普遍欢迎，但也使某些人很不高兴，即便对北大爱护有加，对新思想并不反感的教育总长傅增湘，也于当年3月26日很含蓄地致信蔡元培，一定要注意《新潮》的负面影响，因为已经有一些长者对这份杂志“不无微辞”，一定要防止“因批评而起辩难，因辩难而涉意气”，倘若意气用事将辩难超越学术范围，势必引起党派新旧之争，这是最令人担心最令人不安的。
 
    教育总长傅增湘对激进思想的关注肯定不是心血来潮，而是来自政治高层的忧虑及暗示。段祺瑞此时正忙于一战善后及巴黎和会的谈判准备，他们绝对不希望知识界节外生枝。政府高层一直密切关注北大，一直注意蔡元培的动静，最主要的是担心学生闹事。
 
    政府的心态也被知识界所窥破，从蔡元培、陈独秀，还有汤尔和、马叙伦、沈尹默等人政治动向及防范措施看，其实也是防着段祺瑞或安福系的黑手。
 
    段祺瑞和安福系主要人物都来自安徽，而陈独秀、胡适这些人也是安徽人，但是这两股安徽势力各自角力，就是不愿意沟通。大约在3月末，安福系参议员张元奇特地前往教育部告状，指控北大师生鼓吹新思潮，编辑出版《新青年》、《新潮》，“实为纲常名教之罪人”，张元奇郑重其事吁请教育总长傅增湘严加取缔，并表示，如果教育部对他这个呼吁不理睬，那么他将在国会提出弹劾教育总长并北大校长的议案。
 
    张元奇的说法或许只是恫吓，但这不能不引起教育总长傅增湘的警惕。傅增湘并不是对教育总长眷恋不舍，毕竟作为教育主管，作为内阁成员，总不希望在自己管辖的地盘出事，引发政争。4月1日，傅增湘约蔡元培到教育部面谈一切，会商对策。
 
对《新青年》和《新潮》的围攻
 
    陈独秀主编的《新青年》名头太响了，反对者必欲将《新青年》置之死地而后已。鉴于如此，2月15日出版的《新青年》第六卷第二号就专门刊登声明，否认《新青年》与北大有从属关系。声明说：“近来外面的人往往把《新青年》和北京大学混为一谈，因此发生种种无谓的谣言。现在我们特别声明：《新青年》编辑和做文章的人虽然有几个在大学做教员，但是这个杂志完全是私人的组织，我们的议论完全归我们自己负责，和北京大学毫不相干。”
 
    《新青年》编辑部声明减轻了蔡元培的一个压力，蔡元培需要向教育和行政当局解释的只是《新潮》问题。《新潮》确实是经蔡元培、陈独秀同意出版的一个刊物，其经费补助也来自北大。根据傅斯年回忆，他与罗家伦、顾颉刚、潘家洵、徐彦之等在蔡校长思想自由、兼容并包理念影响下，觉得应该成立一个社团，创办一个杂志，表达一些主张，为自己将来走向社会提供一次锻炼机会。这就是《新潮》最初动因。
 
    创刊思路出来后，徐彦之代表各位向文科学长陈独秀汇报。陈独秀表示：“只要你们有办的决心和长久支持的志愿，经济方面可以由学校担负。”北大图书馆馆长李大钊知道《新潮》创刊宗旨后，从图书馆划拨一个房间给新潮社使用。
 
    《新潮》出版后影响日大，反对的声音也随之而至，有几家报纸将骂《新潮》作为自己的工作和乐趣，北大内也有几个老先生总与《新潮》或新潮社的几位同学过不去。据说，有一位“文通先生”一贯与北大唱反调，当他意外看到《新潮》后欣喜若狂---终于找到攻击北大的理由了！有一天，他拿着两本《新潮》和几本《新青年》送给地位更高的一个人，添油加醋强调这两个杂志都是歪理邪说，是洪水猛兽，强烈要求这位地位更高的人出手惩治。
 
    这位地位更高的人受到如此蛊惑，遂将此事交给教育总长傅增湘查出，并示意蔡元培辞退陈独秀、胡适两位教员，开除傅斯年、罗家伦两位学生，以儆效尤。陈独秀、胡适、傅斯年和罗家伦被传为“四凶”，他们分别代表《新青年》和《新潮》两个编辑部。