1882年4月19日下午4点，达尔文在夫人爱玛的怀里停止了呼吸。爱玛和子女们一边向亲友发出讣告，一边着手准备葬礼。达尔文的遗愿是埋葬在唐恩村的家庭墓地中，与哥哥伊拉兹马斯和夭折的大女儿安妮埋在一起。他的家人和村民们也都希望他能长眠在他已生活了40多年的土地上。
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但是其他人则认为以达尔文的成就应该为他举行国葬，埋到英国的先贤祠——威斯敏斯特大教堂。第二天英国的报纸纷纷发表评论，呼吁把这位“自牛顿以来最伟大的英国人”与牛顿等人埋在一起供后人凭吊。有一家报纸还指出，早在15年前普鲁士国王已授予达尔文爵位，英国女王却没有这么做，以至达尔文死时还是一介平民，不能以“爵士”的头衔下葬，难道不该以入祠祀奉来弥补英国对其第一儿子的不公平待遇吗？（后来达尔文有三个儿子被陆续授予爵士头衔）也有报纸评论说，达尔文要比已埋在威斯敏斯特大教堂的许多政治家更属于那里，因为“与这位震撼世界的思想家的成果所产生的巨大影响相比，日常政治的喧嚣大部分不过是尘土一般的贫乏”。
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在媒体的呼吁声中，王家学会会长给达尔文的家人去信，请求他们同意达尔文入葬威斯敏斯特大教堂。达尔文的邻居、林耐学会会长兼议员约翰·鲁巴克收集了28位议员的签名，向威斯敏斯特大教堂主教请愿。正在法国访问的威斯敏斯特大教堂主教甚至还未收到议会的请愿书，就已发电报表示同意让达尔文入祠。
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葬礼于4月26日举行。爱玛没有出席葬礼，留在了唐恩家中。10名抬棺者中除了鲁巴克、一名威斯敏斯特大教堂的教士，还包括王家学会会长代表科学界，一名伯爵和两名公爵代表政府（其中一位是达尔文的母校剑桥大学的校长），和美国大使代表外宾，以及达尔文最亲密的朋友中还健在的三位：
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植物学家约瑟夫·胡克。达尔文随贝格尔号环球航行回来后，长期秘密研究进化论，只有一些朋友知道他在研究这个将会颠覆世界的理论，胡克就是其中之一。
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自然选择理论的共同发现者华莱士。达尔文本来做好了在死后才发表其进化论手稿的准备。做为一个生性平和的人，他不想见到这个理论的发表在社会上引起的争议。但是在1858年夏天，由于接到华莱士的来信，知道华莱士已独立发现了自然选择理论，这才迫使他在征求了胡克等人的意见后，与华莱士同时发表了关于自然选择理论的论文，并在次年出版《物种起源》。此后自然选择理论也被称为达尔文主义——这个说法是华莱士首先使用的。
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古生物学家托马斯·赫胥黎。《物种起源》的发表不出所料掀起轩然大波，达尔文本人避免参与社会争论，代替他四处争斗捍卫进化论的是赫胥黎，因此获得“达尔文的斗犬”的称号。
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送葬者包括伦敦市长，王家学会、林耐学会和其他科学学会的会员们，以及各国、各界代表。在“得智慧，得聪明的，这人便为有福”的赞美诗歌声中，达尔文被埋在了牛顿墓碑的下方。
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没有人觉得把提出动摇了基督教世界的学说的人埋在大教堂里有何不妥。《时报》甚至评论说：“该大教堂需要这个葬礼甚于该葬礼需要大教堂。”进化论与基督教的冲突似乎已成为历史。英国基督教领袖们乘机在世人面前展示他们的宽容。《旗帜报》宣称：“真正的基督徒能够像接受天文学和地质学一样接受进化论的主要科学事实，而不会对更古老和珍贵的信仰产生任何偏见。”高教会派的报纸《晨报》声称：“我们无法欣赏他的理论的全部，但是我们能够敬佩他的生活。”《教会时报》则干脆说达尔文是一名“基督教绅士”。几年之后，开始出现谣言声称达尔文临终忏悔放弃了进化论，这个谣言至今还能在传教宣传品中看到。
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事实上达尔文死时不仅不信神，甚至对基督教极其反感。他生前不愿公开他的宗教立场，一方面是因为他不愿参与争端，另一方面也是因为他认为不信神的立场只适合于有教养的人，让普通大众接受无神论的时机还不成熟。但是在私下场合，达尔文并不隐瞒他反对基督教的立场。这有他晚年写的自传为证。在自传中，他用一章专门阐述自己的信仰，批驳各种有关上帝存在的证据，认为没有任何理由相信上帝存在，并介绍了自己唾弃基督教的经过。他甚至抨击基督教的教义“真是一种可咒诅的教义”。
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达尔文自传是给其子女看的，并没有打算发表，所以写得非常坦率，以致在其死后（1887年）发表时，在爱玛（一位虔诚的基督徒）的要求下做了大量的删节，直到1959年才得以完整地出版。如果达尔文对基督教的抨击在其生前就被公开，英国基督教领袖们对他是否还会如此宽容，他是否还能入葬威斯敏斯特大教堂？无论如何，达尔文大概是大教堂祀奉的第一个“罪人”。