十六、十七世纪时，西方文化兴起，中国传统的文化就相对衰弱了。在社会科学领域方面，意大利的文艺复兴运动波及整个欧洲，出现了许多思想家，形成了大的思想解放运动。十六世纪在德国等地的宗教改革，矛头指向封建支柱，掀起了新思潮。在自然科学方面，西方一方面新的科学成果不断涌现，从一四五三年的《天体运行论》开始，天文学、力学等方面出现大发展，伽利略提出的“两个球体重量不同下落速度一致”，改变了古希腊的亚里斯多德的说法，成为力学发展的转折点。牛顿的《自然科学之数学原理》，成为近代科学体系建立的基础。西方的另一方面，宇宙观的改变，机械唯物论的出现，成为现代哲学的基本观点。同时，西方还建立了一系列科学机构，如英国建立了“皇家学会”。

　　这一时期，西方的文化发展了，而中国的文化相对地衰弱了。如西汉时，出现了“盖天说”，东汉时，出现了“浑天说”，都不是科学的，但一直流传到了明清。又如明代出现了巨型科学著作，宋应星的《天工开物》，只是在民间流传，没有应用，出版后失传，直到一九二六年一位学者从日本带回来，我们才知道明代有《天工开物》这部书。明代，中国传统思想也发生了危机。明代前期，“理学”的一统天下，后被人们流于琐碎，明代中后期，王阳明学说盛行，由于产生了“空疏”，也出现了危机。高水平文化向低水平文化流动文化圈，是世界文化发展史上的规律现象，上世纪、中世纪中国文化影响于中亚、西亚、欧洲。明清之际，西方文化传入中国，是历史的必然趋向。

　　从十四世纪开始，地中海沿岸国家产生了资本主义萌芽，及十六世纪伴随着新航路的开辟和地理大发现，进行资本积累，西班牙、葡萄牙相继占领了印度洋、太平洋。一五五七年葡萄牙占领了澳门，一六二六年西班牙占领了台湾。不过整个十六世纪，明朝的海禁森严，葡、西两国是小国，武力不足，不能征服中国，势力局限于中国沿海的岛屿。这样，葡、西两国急需用用新办法打开了中国的大门。与此同时，欧洲爆发了宗教改革运动，保守派掀起了反宗教改革运动，天主教受到了打击。新的宗教派别宣布服从罗马教皇的控制，一些国家也宣布政教分离，罗马教廷的势力缩小，而新的宗教派别企望到东方扩大新的宗教领地。于是，葡、西两国同罗马教会勾结起来，利用教会进行扩张，促成了大量的传教士来华，其中由于派别多，最主要的是耶稣会士。

二

　　“耶稣会”的创建人是西班牙的基督教徒圣依纳爵罗光拉，耶稣会士是经罗马教皇批准来华传教的。

　　第一个来中国传教的耶稣会士圣方济各·沙勿略，开始来中国传教的教士大多在澳门，从一五五三年到一七0四年间转向中国大陆，期间是会士来华最活跃的时期（即传教士来华传教的第一阶段）。一五八三年，意大利籍的传授士利玛窦、罗明坚、带着大批贡物由澳门到广州，不久又到肇庆活动获准建教堂，建立了第一个据点，从此开端，教士不断来华。一六00年，利玛窦带着大批贡物进北京，献给明神宗，有自鸣钟等，自鸣钟坏了，神宗下令利玛窦留居京师修理，他趁机在北京扎下了根，活动了十年。一六一0年逝于北京。他到中国活动了二十八年，传教极为活跃，被吸收的中国教徒有皇室成员，贫民，经他亲手洗礼的二千人，利玛窦成为耶稣会在中国的第一任会长。这一阶段中国教徒人数的递增与传教的活跃，与利玛窦个人的努力是分不开的。后来，传教士都仿照利玛窦的传教方式，在皇权专制的中国站稳了脚跟，上帝耶稣在中国人心目中也被当作是万能之神。一六四四年九月初一，北京发生日食，汤若望清楚日食发生的时间及原因，因此而名声振。顺治八年的一天，汤若望被宫女请去给一王妃看病，他认为是遇风寒，不需要用药自然而愈。于是拿出耶稣的牌位，挂在门头三天而愈。顺治帝由此而非常敬重汤若望，给他进封为太常侍务卿，通政司布政使，官一品，追封三代，甚至连接班人的大事，堂堂的帝王也听从汤若望，违反了嫡长子继承制，立四子为太子（即后来的康熙帝）。汤若望争得了至高无上的中国皇帝的尊重和信赖。

　　在这一阶段，传教士的传教主要是在中上层人物中进行，他们在封闭的中国宣传异端信仰，传教争得了成功，使中国教徒由起初的三人发展到了五十万人。

　　中国长期的儒家思想文化与天主教毕竟是不同性质，特殊的文化，两种不同的文化发生了冲突，发生了“南京教案”和“钦天监案”，这两次教案中，教士受到了打击，但没有灭绝，主要是教士借助科学知识起了作用。

　　从一七四0年罗马教皇颁布了“禁约令”到一七七五年为止，是耶稣会士在华活动的第二阶段，也是耶稣会士在华活动衰弱的时期。这一阶段，虽然来的人多，影响大的少，最有名的只有两个人，一个是蒋友仁，他以参加园明圆大水法的设计和完成中国地图的绘制而闻名。一个是郎世宁因为是园明圆的设计者。同时，这一阶段罗马教皇多次颁布“禁约令”，中国皇帝（雍正、乾隆）多次颁布“禁教令”及西欧各国排挤“耶稣会”。一七七四年，中国耶稣会解散，来华的教士传进的不是思想文化，而是鸦片战争。
耶稣会士开始来到中国时，并不急于宣讲圣经，而是先介绍西方的科学技术。天文学方面，经过汤若望整理，清代了颁布了《崇祯历法》大量地介绍了伽利略，哥白尼的科学研究成果。数学方面，利玛窦和徐光启合作了翻译了《几何原本》（前六卷），介绍了欧洲平面几何学，它的影响很大，地理学方面，利玛窦绘制了《坤舆万国全图》，介绍了地球形状，五大洲、三大洋等的名称、地理位置，许多名称流传至今。艾儒若的《职方外纪》成为中国第一部介绍五大洲人物地理的专书。医学方面，邓玉函的《泰西人身概论》，从人体解剖的角度，介绍了人身的各部分的功能，提出了人脑思维器官的学说，这诸方面和科技成果，比中国传统的科技更为先进，它吸引了中国的土大夫，争得了他们的支持。教士们对诸方面科技成果的介绍，为传教铺平了道路。但是，宣传西为的宗教思想是传教士来华的目的，他们向中国人宣讲教义时，以《天主实主》、《超性学要》、《寰有诠》、《名理探》、《七克》、《畸人十篇》等为蓝本，论述上帝是世界的本源、创造者、主宰、至高无上的神，上帝存在的真实性，要求人们清心寡欲地生活。传教士带来宗教思想并比中国传统的思想更为先进，并没有使中国的思想进步。耶稣会在中国的神学著作有三百二十一种，占教士所带来的全部书籍的百分之七十二点五，科技书籍只占百分之二十五，然而，对中国产生影响的是自然科学方面的书籍。

　　明清之际，耶稣会士在中国活动了二百多年。我们应该给以较客观的评价。第一，耶稣会士在华的活动与西方的殖民侵略有关系。会士来华的动力是西方的侵略和宗教扩张，他们在华活动曾受到了西方殖民侵略势力的经济资助。一五八四年会士在广州活动经费百分之五十是根据葡萄牙国王的命令由马六甲海峡的关税收入资助的。第二，以利玛窦为代表的教士与鸦片战争后来的教士，有明显的区别。明、清教案中（“南京教案”、“钦天教案”），传教士完全处于被动和被控制的局面，对于教案的处理，教士尊重中国的主权，而在一八四八年的“青浦教案”中，英胁迫清政府逮捕水手枷号示众，革了具有正义感的苏松道台咸龄的职，赔款三百万两（白银）。另外，鸦片战争时来中国的教士，他们直接或间接地参加了侵华活动，有的甚至刺探情报。英国的教士郭实腊多次到上海等地把刺探到中国军事情报报给英国。第三，耶稣会士输入了西方先进的自然科学知识，从而推动了中国传统文化的发展与更新。西学输入后，引起了部分中国学者的兴趣，他们积极介绍研究西方的自然科学，并且自己理解和消化促进中国传统科学的发展。梅文鼎的《梅氏丛书辑要》，把中外的天文，中国传统的数学和西方数学融为一体。西学的冲击诱导出对于传统科技的逐渐反省，面对更为先进的西方科技，引导人们进行思考。徐光启通过中西数学的比较研究指出：“西泰子之测量诸法与周髀之勾股测望也，能说一表而不能重表。”它揭示了中国传统数学的重大缺点，是没有严密的理论体系。在西学的影响下，学术界的学风由空疏转向朴实。第四，传教士他们有意隐瞒了西方已发展了的近代的科技，对近代科技往往来取得偷梁换柱的办法，这不利于中国传统文化的近代化。教士虽带来了“文艺复兴”后的科技，但也进行了隐瞒，对“文艺复兴”只字不提。对哪些最富于革命的科技，往往也进行隐瞒，汤若望在介绍哥白尼学说和多禄某学说时说：“多禄某与哥白尼其法唯一其理无二。”教士向中国人传授科技知识往往留有一手，《几何原本》原来有十五卷，徐光启想全部翻译，利玛窦只同意翻译前六卷。同时，传播西方科技是为了招募教徒，而不是全部的，以免失去学术上的垄断地位，徐光启说：“西方诸君子而犹世局中人，种种有用之学不乃秘其家珍乎。”