其后在日据时代，华人阶级虽被打压，却依然承担着统治者和被统治者间的管理工作。

　　新中国建立后，两国间的关系最初相当和谐。尽管双方政治制度不一样，但无论是在经济，体育还是文化交往方面，两国都一直开展通畅的合作，有些印尼华人甚至同时拥有两国的国籍。

　　然而，作为印尼的经济获益者，华人的财富一直让印尼本地人眼红；华人和印尼本地人之间微妙的关系也一直是有隐患的。60年代，中国开始输出革命，出钱出枪给东南亚国家的共产党，鼓励他们推翻现政权。1965年，印尼亲国民党华人策动苏哈托搞军事政变，防止印尼赤化。早有野心的苏哈托军人集团借机控制政局, 大规模镇压印尼共产党和清洗异己势力,并逐步剥夺苏加诺总统的职权，并最后处决了这个亲华的总统。然而老虎还是要吃人的，当权的苏哈托立即对当初出钱策划政变的亲国民党华人开始镇压，并鼓动印尼民众开始大规模迫害华人。

　　再以后，印尼华人惨遭近40年的歧视和清洗，一有运动，第一个遭殃的肯定是华人。直至今日，印尼华人的身份证依然与普通印尼民众不一样，上面专门印有“华”这个发音，这个发音代表任何人都可以辱骂你，警察可以随时抓捕你，上公车必须让印尼族先上，印尼政府公办的中小学校不准华人子女就读、、、

　　如果说西方人曾藐视华人，日本人曾屠杀华人，那么请记住，直到今天，印尼政府依然在迫害华人！